百日咳临床分为3期，3期的症状是不同的。
第一是卡他期，从发病开始到出现痉挛性咳嗽一般1-2周，症状主要有咳嗽、流涕、喷嚏、低热，当其他症状逐渐消失时咳嗽加重。
第二期是痉咳期，一般为2-3周或更久，发作时咳嗽出现，咳十余声或数十声，直到咳出痰液或吐出胃内容物咳嗽剧烈时，可有大、小便失禁，双手握拳屈肘、双眼圆睁、面红耳赤、涕泪交流等症状就会出现，恢复期一般1-2周，咳嗽发作次数减少，程度减轻，再出现阵发性痉咳，但若遇到浓烟等刺激性气体时，可能会出现阵发性的痉咳。