病毒性的脑炎潜伏期可有数天到数月之久，平均的潜伏期是1-2周。通常情况下，根据患者的免疫力情况和病毒的程度会表现出不同的潜伏期。
有一部分患者会在病毒性脑炎之前出现呼吸道的症状、发热的症状等感染症状，后续才出现病毒性脑炎的脑膜刺激征、颈项强直不适症和克氏征的症状。还会有颅内压增高的症状，头痛，伴恶心、呕吐、视乳头水肿等。一般潜伏期根据病毒的情况，以及患者的自身免疫情况会有不同，平均1-2周。