复方甲氧那明胶囊是一种常用的治疗咳嗽的药物，是一种复合制剂，其副作用主要与其成分密切相关。常见的副作用主要有引起嗜睡、口干、精神倦怠和乏力等症状，是由于其中马来酸氯苯那敏所引起，而且复方甲氧那明胶囊也可以引起有皮疹、皮肤发红，以及瘙痒的症状。
部分病人还可以出现胃肠道的不适，包括上腹部不适、恶心，以及呕吐症状，严重者可以引起眩晕或者食欲不振。因此，复方甲氧那明胶囊应当在医生的严格指导下使用。