明目地黄丸和杞菊地黄丸都是在六味地黄丸方子的基础上，对药方进行加减而形成新的中药成方。杞菊地黄丸是在六味地黄丸的基础上增加了枸杞子和菊花，明目地黄丸是在杞菊地黄丸的基础上又增加了石决明、蒺藜、磁石，所以它们两个的功效也有一定区别。
明目地黄丸主要具有滋肾养肝、明目的功效，因为里面有蒺藜、石决明，所以对治疗眼睛疾病的效果更好。杞菊地黄丸主要具有滋肾养肝的作用，主要用于肝肾亏虚所导致的眩晕、耳鸣、迎风流泪、羞明畏光、视物昏花等疾病的治疗，杞菊地黄丸更侧重于滋阴和养肝。
明目地黄丸适用于大部分的眼睛疾病，但是暴发火眼者一定不能使用明目地黄丸，否则会损伤患者的眼睛。像高血压、心脏病、肝病、糖尿病肾病等慢性病严重的患者，在服用明目地黄丸和杞菊地黄丸的时候一定要咨询医生，不要擅自用药。这两个药物的功效有类似的地方，但是侧重点不一样，一定要辨证之后根据病情来选择合适的药物。