雷公藤多苷常见的副作用有可能会引起恶心、呕吐、腹泻、食欲减退、消化道出血，所以建议雷公藤多苷要在饭后30分钟之后服用，有可能会减轻消化道的副作用。对生殖系统有可能会有影响，可能会导致女性的月经紊乱、闭经，男性精子数量减少、活力下降，所以有生殖毒性，但一般停药后可以缓解。除此之外雷公藤多苷还有可能会影响肝肾功能、心脏，还有血液系统，比如出现白细胞和血小板的降低。所以在用药期间一定要定期监测血常规、尿常规、心电图，还有肝肾功能，也有可能会引起感染、贫血、皮疹，还有色素沉着的副作用。