鲍曼不动杆菌治疗一直是临床上很大的难题，因为它对各种消毒剂和抗菌药物容易产生耐药性，对重症患者以及ICU病房的患者有很大的威胁。一般情况下，选择对鲍曼不动杆菌有较强作用的，抗绿脓杆菌青霉素类，第三代和第四代头孢菌素。主要是头孢他啶，另外还有β-内酰胺类的抗生素复合制剂。比如头孢哌酮舒巴坦以及喹诺酮类的药物，氨基糖甙类，替加环素、多粘菌素、舒巴坦等。
上述药物可以联合使用一般，常常的治疗方案就是β-内酰胺类加氟喹诺酮类，β-内酰胺类加氨基糖甙类等，一般的首选方案可以选择头孢哌酮舒巴坦加凌霉素，也可以选择氨苄西林、舒巴坦加环丙沙星。一般情况下通过以上的联合治疗。在注意防止其他的并发症，一般是能够有治好治愈的倾向，预后也是良好的。