病毒性脑膜炎的后遗症跟急性期炎症反应造成的脑细胞的损害程度有很大的关系。如果急性期出现了持续昏迷、抽搐的频繁、脑疝等，它的愈后是不好的，后遗症可能是很严重的。如果症状没有那么重，比如只有发热头晕、精神萎靡或一过性的抽搐，这一类的病毒性脑膜炎，后遗症是比较轻微的，甚至是没有后遗症的。常见的严重的后遗症有持续的昏迷甚至是植物人状态、肢体瘫痪、感觉障碍、大小便失禁、继发性的癫痫等。