新生儿侵袭性大肠杆菌肠炎，首先应给予高度的重视。预防是最重要的，人乳喂养是防治新生儿侵袭性大肠杆菌最重要，也是最有效的措施。临床上出现新生儿侵袭性大肠杆菌肠炎，首先应当给予禁食。在禁食期间，首先应当用静脉进行补液，针对等渗性脱水以及代谢性的酸中毒，按照不同的脱水程度，制定相应的输水计划，应当纠正水、电解质、酸碱平衡的失调。另外，还可以运用胃蛋白酶、胰酶来促进大便成形以及增加消化的功能。对于腹泻严重的新生儿，还应当考虑口服蒙脱石散来缓解症状。对于重症以及营养不良的患儿，还可以少量多次的输血以及应用人血白蛋白，以改善全身的状况。清醒的患者可以不用抗菌的药物，通过调节肠道的正常菌群，一般可以达到治愈。而对于重症的新生儿或者出现败血症的患者，要选用敏感的抗菌药物进行治疗。选用头孢类抗菌药物较为安全，还可以通过细菌培养和药敏试验的结果指导用药。