菌群失调主要有几方面的原因，包括长期、大量使用抗生素，以及便秘及饮食、生活习惯，还有环境因素以及精神因素，具体如下：
1、长期、大量使用抗生素，可以使大多数敏感菌和正常的细菌被抑制或者杀死，可以导致菌群失调，出现腹泻和便秘的症状。
2、便秘，对于老年人来说，由于肠道张力和推动力逐渐减弱，导致胃肠道的消化和蠕动功能差，可以引起便秘。大便在肠道内停留的时间过长，菌群的生态可以发生改变，所以有害菌增加，引起菌群失调。
3、精神因素，精神压力过大也可以破坏肠道菌群的平衡，导致内分泌失调、肠道生理功能的紊乱，及肠道的菌群失调。
4、环境因素，环境的改变比如污染的大气、污染的水源以及各种重金属，这些都可以导致肠道的菌群失调。
5、不健康的生活方式，吸烟、喝酒、熬夜、暴饮暴食，这些都可以导致菌群失调。
6、还有一些疾病，比如肿瘤或者内分泌失调，使得机体的抵抗力下降，破坏肠道的菌群平衡，也可以导致菌群失调。