小儿甲状腺功能减低症要早期诊断、早期治疗、终生服药。甲状腺素从小剂量开始定期随访。新生儿一旦发现甲状腺功能低下应该立即接受T4治疗，以尽快恢复正常的甲状腺功能。治疗的时间和是否接受足够的治疗与神经系统后遗症相关。暂时性的甲低患者一般需要正规治疗，一到两年之后停药1.5个月再复查甲状腺功能基础水平。如果正常可以停药，在药物的选择上，首选的治疗药物为LT4，就是L左旋甲状腺素钠，也就是优甲乐。治疗的目标可以使TSH恢复正常水平，而T3和T4保持在正常范围的较高水平，比如50%以上。