食管癌的发病病因有很多，其中有明显的遗传因素，食管癌的发病率常表现出家族聚集现象，在我国高发区阳性家族的发病率可高达25%-50%，其中以父系发病率最高，母系次之，旁系最低。食管癌高发家族的外周血淋巴细胞免疫染色体畸形，即癌变率较高，这可能是决定高发区食管癌易感因素的遗传。同时在环境因素和遗传因素的作用下，可以导致食管的抑癌基因失活，原癌基因激活，这与食管癌的发生也密切相关。除了遗传因素作用之外，还有自身的生活习惯，饮食习惯也密切相关。