滴虫性阴道炎的主要症状是阴道分泌物增多及外阴瘙痒，兼或有灼热、疼痛、性交痛。分泌物的典型特点是稀薄、脓性、黄绿色、泡沫状，有腥臭味，分泌物呈脓性，是因为分泌物中含有白细胞，如果合并其他的感染则呈黄绿色、呈泡沫状、有臭味，是因滴虫无氧酵解碳水化合物产生腐臭气体，瘙痒的部位为阴道口及外阴。
如果合并有尿道感染，可以有尿频、尿痛以及血尿。阴道毛滴虫可以吞食精子，导致不孕，在检查时可以发现黏膜是充血的，严重者有散在的出血点，甚至宫颈出血斑点，形成草莓样的宫颈，后穹隆有多量的白带，灰白色、黄色、稀薄样、呈泡沫状。