甲硝唑栓在临床上主要用于女性细菌性阴道病、滴虫性阴道炎，以及杂菌所致的阴道炎等局部用药治疗。
在使用前要在医院就诊，明确阴道炎的致病菌种类再对因、对症治疗。如需使用甲硝唑栓则使用方法为阴道内给药，每日1次，连续使用7天。
在使用前应明确对甲硝唑是否有过敏反应，使用的同时还需保持局部个人卫生，着纯棉质的内裤，保持透风和干燥。此外还须禁止同房，如使用期间存在不适感，继续用药的时候有些不良反应可消失则无伤大雅。
如继续使用后不良反应加重，需立即停药并在医院就诊，改用其它方法。