导致间质瘤的具体病因现在还没有完全搞清楚，目前认为是由内因和外因共同作用才导致间质瘤发生，常见原因如下：
1、外因：最常见的是环境因素，主要考虑饮食不良的因素会诱导间质瘤发病率升高，比如像腌制、熏烤的食物，比如熏腌和霉变的食物，都有可能会增加间质瘤发生的危险性，尤其是熏制、烧烤类的食物，是在饮食环境中诱发间质瘤产生的相关因素。
2、内因：如遗传因素，就是患者的直系家属中间若有胃肠间质瘤，后代的发病率比一般人要高。
不管是内因也好，还是外因也好，最终可导致相关正常组织产生分子遗传学的突变，最常见的是C-kit基因或PDGFRA基因两种情况的突变。除此之外，像BRAF基因在内因、外因的情况下突变以后，都有可能会出现胃肠间质瘤，以上是目前的相关研究，后续可能还有新的致病因素能够再被发现。