肌静脉血栓的治疗，一般以抗凝治疗为主，住院期间以低分子肝素皮下注射为主，出院后口服抗凝药物利伐沙班，不需要频繁监测凝血象，且出血风险相对较低，复发率相对较低。
肌间隙静脉血栓一定要复查肺动脉CTA，因为很多肌间隙静脉血栓是因为主干血栓已经发生脱落造成的肺栓塞，而表现的单纯的肌间隙静脉血栓。
如果肺动脉CTA证实肺动脉有血栓，较大块要介入下进行溶栓，而对于分支较小的肺栓塞，也以抗凝治疗为主，当然抗凝时间要适当延长。
对于肌间隙静脉血栓伴有肺栓塞的，抗凝时间要延长到3个月以上，甚至6个月，同时要定期复查肺动脉CTA以及下肢静脉彩超，口服抗凝药物直至肺栓塞及深静脉血栓消失为止。