强迫症的治疗主要分为药物治疗和认知行为治疗。药物治疗分为几个阶段，首先是急性期的治疗，一般至少12个星期，起效往往会需要3-6个月。临床上氟西汀、氟伏沙明、舍曲林、帕罗西汀、西酞普兰和氯米帕明，都能对强迫症有较好的治疗作用。
因为氯米帕明治疗强迫症的效果是确切的，但是它的不良反应往往限制了这个药的使用，所以在临床上往往使用SSRI类的，像帕罗西汀、氟伏沙明、舍曲林这些药物。
巩固期和维持期的治疗，像强迫症，作为一个慢性疾病，急性期治疗起了效果之后，往往需要过渡到巩固期和维持期，而且持续时间可能是1-2年的治疗，才能使患者复发的概率低于没有维持治疗的患者。
还有认知行为治疗，比如对反复洗手的人，可以通过慢慢的减少洗手次数来达到治疗作用，比如反复想一些没有意义的事情的人，也可以通过不停的捏自己直到痛，让自己的观念消失，这些都是一些心理学的调整方法。
在临床上具体使用哪种方案来治疗，可能需要评估，首先会建议认知行为治疗。如果效果不好，或者比较严重，可能会建议认知行为治疗配合药物治疗。