唇腭裂遗传率的高低受多种因素的影响，首先发病率与亲缘关系有关，患者一级亲属发病率为4%，二级亲属为发病0.7%。随着亲属级别的降低，发病风险也逐渐下降。另外，近亲婚配，子女再发唇腭裂的风险相对来讲会增高，畸形越严重，亲属的再发风险也就越高。相对来讲，单侧唇裂的患者，同胞再发风险是2.4%。如果一侧唇裂合并腭裂的患者，其兄弟姐妹再发风险为4%。而双侧唇裂合并有腭裂的患者，那么他的兄弟姐妹再发风险可以高达5%。
发病率在不同性别中也有明显的差异，唇腭裂在男性中发病率要高于女性，女性后代的发病风险逐年升高，相反，男性患者后代的再发风险就会降低。这是因为发病率低的性别，发病的阈值就比较高，一旦发病，则意味着带有较多的致病基因。