腺垂体功能减退症的治疗主要包括病因治疗和对症治疗，病因治疗方面主要是针对肿瘤占位所导致的腺垂体功能减退症，需要根据肿瘤的性质选择手术、放疗、化疗等措施，来解除病变对周围正常残余垂体的压迫。
对于淋巴细胞性垂体炎引起的症状，需要应用激素和或其他的免疫抑制剂进行治疗，以控制炎症的发展和浸润。对症治疗主要是激素替代治疗，腺垂体功能减退的患者，需要终身激素替代治疗。肾上腺皮质激素替代治疗首选氢化可的松，维持剂量是否合适需与临床指标进行衡量。
甲状腺激素选择左甲状腺素片进行治疗，甲状腺激素的应用在肾上腺皮质激素治疗后开始或者同时补充。对于生长激素缺乏没有禁忌症时，也可以给予生长激素补充治疗，性激素的替代治疗应根据年龄、性别以及病变的部位、有无生育要求来确定。