开颅手术后遗症最常见的是长期头痛、头晕症状，因为开颅手术破坏了颅腔的正常结构，并且对脑组织造成损伤，因此开颅术后会出现神经功能代谢紊乱，患者会出现长时间的头痛、头晕症状。
头痛、头晕在阴雨天、劳累、熬夜、喝酒、抽烟时会加重，反复存在，有可能会影响到患者的日常生活和工作，造成抑郁症的发生，但只是少部分。如果开颅手术涉及到脑的功能区，有可能会造成肢体偏瘫、失语、麻木、精神异常、记忆力下降、行走不稳等症状。经过康复治疗后大部分都能够恢复，但是有少部分患者会长期遗留有不同程度的上述症状，即所谓的后遗症。