甲状腺瘤在手术后最容易出现的并发症有术后的喉返神经的损伤和甲状旁腺的损伤，当伤及喉返神经时会出现声音沙哑或者无法发声的情况，还容易影响咽上神经，造成患者在吞咽水的时候出现呛水的情况。
出现甲状旁腺的损伤时会出现甲状腺功能的衰退，此时容易出现低血钙症，以及甲状腺的功能衰退。此外，还容易继发出血情况，因为甲状腺的周围血管丰富，如果止血准确，很容易继发术后出血。
如果患者在术前有甲亢的情况存在但没有服药治疗，术后很容易出现脉压高、呕吐等甲亢危象，如果术后通过提取物的标本检查出为恶性肿瘤还有可能出现转移的可能。