神经系统的疾病还是比较多的，其中最常见的是脑血管病，包括脑动脉硬化、脑供血不足、脑梗塞、脑出血等，还有神经系统的退行性、变性疾病，常见的有老年性痴呆、帕金森病、多系统萎缩、进行性核上性麻痹等。
各种病原体引起的脑部的感染性疾病，包括脑炎、脑膜炎，这些病原菌可以是病毒、细菌、结核、真菌、寄生虫等。
脑部的各种原因损伤引起的后遗表现，常见的是症状性癫痫或者称为继发性癫痫，还有不明原因的原发性癫痫，也属于脑神经系统的病变。
还有神经系统的免疫性疾病，包括多发性硬化、重症肌无力。除了这些器质性的病变之外，一些功能性的病变也属于脑神经系统的问题，比如最常见的植物神经功能紊乱、焦虑症、抑郁症、睡眠障碍等等。