牙菌斑是引发牙周炎的始动因子，对于慢性牙周炎来讲，非附着性龈下菌斑中革兰阴性菌起到了重要的治病作用。如牙龈卟啉单胞菌、福赛坦菌、齿垢密螺旋体等。此外，多种局部和全身刺激因素对于牙周炎的发生发展也有重要的影响。比如妊娠期激素增高也可以导致牙周炎的发生。另外侵袭性牙周炎多数是由于微生物的感染，主要的致病菌是伴放线放线杆菌以及防疫能力缺陷，包括白细胞功能缺陷、牙骨质发育异常、遗传背景等均可以造成牙周炎的发生。而全身疾病的引起的牙周炎，例如艾滋病等，主要的原因是由于感染病毒而导致的。