咽喉疱疹要区别于不同的疱疹，最常见的是儿童时期的疱疹性咽峡炎，疱疹性咽峡炎主要是由于肠道病毒病毒引起的。
这种咽峡炎一般主要是进行对症治疗，如退热处置、使用清热解毒的中成药等以及用抗生素预防的疱疹的自发感染主要是这些治疗。因为可能是一种有一定自限性的疾病，有一定的病程，到一定时间可能就自行的愈合，这是疱疹性的咽峡炎。
还有一种是带状疱疹，咽喉部的带状疱疹必须进行积极的治疗，一般静脉输注抗病毒药物，如更昔洛韦、阿昔洛韦等。同时可以用抗病毒的漱口液，这往往是用自行配置的漱口液进行漱口治疗，然后用促使疱疹病毒愈合的药物，也就是支持治疗，如大剂量的维生素C。