任何一个手术，包括开腹以及腹腔镜手术，都有一定的合并症，这种合并症虽然发病几率比较小，对机体有影响，比如腹腔镜手术需要在全麻下进行，麻醉意外是手术的严重并发症。
另外，出血、感染也是手术的并发症，当然脏器损伤是腹腔镜发生比较多的并发症，同时气体栓塞等，也与腹腔镜手术有关。由于腹腔镜手术的局限性，在卵巢肿瘤患者当中，取标本是非常重要的过程，如果没有坚持无瘤原则，可以导致肿物的种植、播散，特别是恶性肿瘤，所以对于怀疑恶性肿瘤的腹腔镜手术，应该慎重选择。