长期不吃主食的危害，可以导致死亡风险增加。2018年《柳叶刀》杂志上，一篇前瞻性的队列研究与荟萃分析显示，碳水化合物摄入量太少，会缩短寿命，尤其是在非肥胖的群体中，低碳水饮食死亡风险更高。
长期不吃主食除了导致死亡风险增高以外，还可以导致肾结石、高尿酸血症、转氨酶升高、全身葡萄糖不耐受、骨质疏松与低钙血症、微量元素缺乏、中性粒细胞功能障碍、低蛋白血症，以及生长障碍等不良反应。如果长期维持低碳水化合物，在治疗结束以后吃主食，体重有可能会反弹。