连花清瘟胶囊具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，主要用于治疗流行性感冒属热毒袭肺证，症见发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干、咽痛、舌偏红、苔黄、黄腻。在使用连花清瘟的时候需要忌烟、酒及辛辣生冷、油腻性食物，不宜在服用连花清瘟胶囊的时候服用滋补性中药。
对于风寒感冒者不适用，有高血压、心脏病的患者慎用，有肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者应在医师的指导下进行服用。对于儿童、孕妇及哺乳期妇女、年老体弱及脾虚便溏者应在医师的指导下服用，对于发热患者，体温超过38.5℃的应该去医院就诊。连花清瘟胶囊需要严格按照用法、用量进行服用，不宜长期服用，服药三天之后症状无缓解，应该去医院就诊。