脑炎属于颅内感染性疾病，是否有后遗症，取决于疾病严重程度以及发病后治疗时效性。以单纯疱疹病毒性脑炎为例，如果发病后未能及时诊断，及时充分治疗，容易遗留后遗症，甚至生命危险。如果诊断及时，治疗得当，大多数患者可以治愈，无遗留的症状，只有大约10%的患者会遗留以下后遗症：
第一、继发性癫痫，部分脑炎患者，治疗不及时或者病灶较大，恢复不好会在发病当时或者发病后出现癫痫发作。可以口服抗癫痫药物治疗。
第二、瘫痪，极少数患者因病情重，炎症波及范围广，遗留一侧肢体的力量下降，严重的完全瘫痪。
第三、智能下降，脑炎患者病灶多在脑叶，会引起脑功能下降，影响到记忆力、计算力等。