脑干梗死的典型症状包括眩晕、恶心、呕吐、眼球运动障碍、视物双眼交叉性瘫痪，甚至出现意识障碍等等。不同部位的脑干梗死会出现不同的综合症，比如常见的延髓背外侧综合征，会出现眩晕、恶心、呕吐、吞咽困难、饮水呛咳、共济失调、霍纳综合征、交叉性感觉障碍的表现。
如果脑桥还会出现典型的脑桥腹外侧综合症，会出现同侧的外展，麻痹面神经、周围性麻痹以及对侧的偏瘫和偏身感觉障碍，如果出现在脑桥基底部，会导致闭锁综合征。
病人除眼球能上、下运动外，意识清醒，其余运动功能全部丧失。中脑的典型综合征是外边综合征，会出现一侧的动眼神经和对侧的面舌，以及具体的交叉性瘫痪。