肉芽肿性血管炎治疗阶段分为两个，即诱导缓解和维持缓解，诱导缓解的治疗方案包括激素和免疫抑制剂，激素包括糖皮质激素，免疫抑制剂包括环磷酰胺等，一般推荐从小剂量开始逐渐加量，直到病情缓解。
在病情缓解后使用小剂量的激素、硫唑嘌呤和甲氨蝶呤维持达到治疗的目的。对于复发及难治性病例，可以使用利妥昔单抗或者静脉注射免疫球蛋白和血浆置换等方法进行治疗。
只有根据病情，病期并进行规范的治疗，才能将肉芽肿性血管炎控制在较好的状态内，从而达到更好的预后。