肺脓肿使用药物治疗，主要根据引起肺脓肿的病原体的类型来选择。大多数对于肺脓肿感染的细菌，以及有些厌氧菌，都可以选择使用青霉素。如果青霉素过敏，可以选择克林霉素，还可以联合使用甲硝唑治疗。
对于军团杆菌所引起的肺脓肿，可以首选大环内酯类药物比如红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等药物。对于革兰氏阴性杆菌引起的肺脓肿，这时可以选择氨基糖苷类的药物，比如妥布霉素，以及联合喹诺酮类的药物，比如左氧氟沙星、加替沙星等。