甲沟炎患者如果局部伴有厌氧菌滋生，可以通过双氧水消毒来杀灭局部厌氧菌。临床上大部分患者甲沟炎是由于局部指甲嵌顿入肉内，而造成急性或慢性炎症。
对于伴有金黄色葡萄球菌感染的甲沟炎，这种情况采用双氧水消毒并不能够杀灭细菌。因此伴有局部炎症时，可以通过0.5%的碘伏纱布持续外敷，同时可以口服阿莫西林等消炎药，加强抗感染治疗，症状比较轻微的甲沟炎可以取得较好的治疗效果。如果患者的甲沟炎伴有局部脓肿形成，此时单纯通过药物治疗，效果往往欠佳，可以考虑行手术切开脓肿、指甲拔除等方法来治愈甲沟炎。