胆脂瘤的发病原因，总体来看胆脂瘤分为先天性和后天性两种，前者被认为起源于胚胎性残留上皮，常见于岩尖、乳突和中耳。后天性胆脂瘤则分为两种，继发于慢性化脓性中耳炎称后天继发性胆脂瘤，继发于中耳渗液者称为后天原发性胆脂瘤。而颅内胆脂瘤目前认为是胚胎肌妊娠3-5周，神经管闭合时混入了外胚层成分所导致。外伤也被认为是胆脂瘤起病的原因之一，颅外的胆脂瘤的形成原因，有多种解释包括负压内陷学说、上皮侵入学说、基底细胞增生学说和化生学说。