清理扁桃体结石的方法，可以自己可以多漱口，或者用钝的头，比如筷子头来清理。如果比较多或者比较深，不容易清理，要到医院去行隐窝的冲洗，或者取出结石。
扁桃体结石是慢性扁桃体炎隐窝型的患者容易出现的症状，扁桃体表面有很多个隐窝口。隐窝型的扁桃体炎，就会不断的在隐窝口形成黄白色颗粒样的结石，堵塞隐窝口，会有咽部的异物感、磨的感觉，或者经常咳出黄白色颗粒样的东西，有臭味、口腔异味、口臭等，可以养成经常漱口的习惯。
如果结石比较多，可以拿筷子头轻轻地拨出，避免拿尖锐的东西清理，以免造成出血，或者感染，或者隐窝口形成粘连、堵塞等。如果不容易清理，可以到医院去行隐窝口的冲洗，或者取出结石。如果反复长结石，很难忍受这些症状。可以考虑进行扁桃体的切除手术。