卵巢巧克力囊肿即子宫内膜异位囊肿，可以通过妇科检查和B超等结合症状进行诊断。巧克力囊肿的患者通常伴有继发痛经，而且进行性加重，也可以出现性交痛等不适。
妇科检查发现子宫的一侧或者子宫后方囊肿，通常不活动，彩超则表现为子宫后方或者是子宫一侧出现非纯囊肿，其囊肿内侧有黏稠的液体，囊肿的内侧往往没有血流。非纯囊肿说明卵巢内部为黏稠液体，多为巧克力囊肿，极少数也可以是黏稠的黏液，所以彩超的表现只能帮助诊断，不能确诊。