对于不同的病原体感染，需要服用甲硝唑的疗程也各不相同，一般是7天为一个疗程。
甲硝唑不仅是抗厌氧菌药还是抗滴虫药，目前广泛用于厌氧菌感染的治疗，如腹腔消化道，女性生殖道下呼吸道皮肤及软组织骨和关节等部位的厌氧菌感染。还可用于治疗肠道和肠外阿米巴病、阴道毛滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病，检查连续服用的时间与其治疗的疾病有关，如：一、治疗阴道毛滴虫病史，连续应用2天为一个疗程，4-6周后开始第二个疗程。二、治疗阿米巴痢疾时连续服用5-10天。三、治疗厌氧菌感染时连续应用7天。四、防止胃肠道手术感染时应根据病情连用7-10天。五、治疗幽门螺杆菌感染时可连续应用10-14天。六、治疗结肠小袋纤毛虫病，疗程15天。七、治疗蓝氏贾第鞭毛虫病，疗情为5-10天。八、治疗麦地那龙线虫病疗程是7天。九、治疗肠道按发病疗程7天，治疗肠道外的暗病，如安巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等，疗程为20天。因此，具体的时间不能一概而论，需要根据情况具体分析。
妊娠期妇女及哺乳期妇女禁用甲硝唑，还需要注意甲硝唑有一定的致癌性，这个药不能长期口服。在临床中主要不良反应为消化道症状，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛，症状轻微时不需要治疗，如果症状比较严重时必须要停药，或者加用奥美拉唑、654-2等止吐解痉止痛的药物，对症治疗。
