肛瘘主要是以手术为主，肛瘘用药多以局部控制感染出现洞瘘的愈合。采用5%的甲硝唑水或者生理盐水冲洗瘘管，外用生物蛋白胶，从外口注入，是治疗肛瘘的保守疗法，但效果欠佳，一般通过手术治疗。
肛瘘的发病是由内向外，原发灶一般在肛管直肠附近，肛瘘由内口、外口及瘘管组成，药物的保守疗法只对感染有效，控制症状为主，不能达到根治的目的。
药物治疗不能使得肛瘘的病症痊愈，局部堵塞、无创伤、无痛苦，对于单纯性肛瘘都可以尝试采用，但自愈率比较低。
药物治疗肛瘘可以起到缓解病情，控制炎症继续发展的效果，如果肛瘘出现急性感染，肛瘘的疼痛或者流脓可以借助药物进行治疗达到缓解症状，病情比较严重的患者还是建议住院进行手术的治疗，以达到根治的目的。
此外，患者在治疗期间要注意肛门部位的卫生，及时换药，饮食上多吃新鲜的水果、蔬菜，少吃辛辣、油腻、刺激性食物，保持大便通畅。这些对于缓解患者的症状，改善患者预后和康复都有一定的帮助。