卵巢巧克力囊肿又叫做子宫内膜异位症，是子宫内膜长在卵巢上面而形成的囊肿，症状包括下腹痛和痛经，疼痛是内异症的主要症状，典型的症状为继发性痛经进行性的加重，疼痛多位于下腹、腰骶及盆腔正中，有时可放射至会阴、肛门及大腿，常于月经来潮时出现，并持续到整个经期。
卵巢巧克力囊肿的患者，还有不孕的表现，不孕率高达40%，引起不孕的原因复杂，如盆腔微环境改变，影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能，卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。还有是如果卵巢子宫内膜异位囊肿发生破裂时，可发生急腹痛，多发生于经期前后、性交后或其他腹压增加的情况，症状类似输卵管妊娠破裂，但没有腹腔内的出血。