如果甲状腺功能亢进症病友计划妊娠，最好在甲状腺功能亢进症治愈后在准备怀孕。甲状腺功能亢进症病友在计划妊娠前，应该应用抗甲状腺药物正规治疗，使血浆中的TSH和甲状腺激素达到正常范围之内，并且疗程足够。一般常规的临床上要达到两年半到三年的治疗时间，停药以后如果三个月甲状腺功能仍然正常，那么可以考虑怀孕。
有少数患者应用抗甲状腺药物治疗，足够疗程后甲状腺功能仍然不能完全正常。如果患者此时年龄较大或因其他原因迫切需要生育，可以相应的减少抗甲状腺药物的剂量，使血清FT4处于正常值的上限后再怀孕。因为甲巯咪唑可以引起胎儿畸形，所以怀孕前应该停用甲巯咪唑，而改用的丙基硫氧嘧啶进行治疗。