低位单纯性肛瘘只有一个瘘管，瘘管走行在外括约肌深部以下，只有一个内口在肛窦附近，有一个外口，内口和外口通过一条瘘管相通。
治疗上肛瘘形成后只有手术才能治愈，小部分低位单纯性肛瘘患者身体状态差，年龄大，可以采用保守治疗，可应用抗生素，外用中药治疗，但一般不能治愈。
手术治疗方法有肛瘘切开术，切开瘘管修剪创面呈V形，肛瘘切除术将瘘管全部剔除，还有内口切除及瘘管搔刮术。