肛瘘的主要治疗方法是手术治疗，肛瘘分为高位肛瘘和低位肛瘘。高位肛瘘是瘘管通过外括约肌深部以上，手术时很容易损伤外括约肌深部而造成肛门失禁。
高位肛瘘最好的治疗方法是寻找准确的内口，低位部分切开，高位部分挂线，挂线是利用线缓慢勒割瘘管及内外括约肌、肛管直肠环的原理，然后又使其逐渐愈合，避免一次性切断肛管直肠环造成的肛门失禁，这种治疗方法既安全又可靠，而且不会引起肛门畸形、失禁等并发症。