对于线粒体肌病的治疗，首选的还是支持疗法，而不是根本的解决它的缺陷。药物治疗方面，首先要做的就是使用清除氧自由基的药物，如维生素C、维生素E、辅酶Q10等，再就是减少毒物的产生，如二氯乙酸、二甲基甘氨酸等，能起到治疗的作用，再一方面就是补充代谢，如烟酰胺等物质，还有一种疗法就是精氨酸的使用，从而减少这种疾病的初步发作。并且也要适量的运动，让患者进行耐力训练，以及有规律的有氧运动，都可以提高患者组织毛细血管的强度，以及增加血管的通畅性，这样可以提高几率，还有就是饮食疗法、基因疗法、细胞移植治疗等，都会起到非常好的效果。