大多数接受骨髓移植或造血干细胞移植的白血病患者会获得完全缓解，但是40%-75%的自体造血干细胞移植患者，和10%-40%的异基因造血干细胞移植的患者，会出现微小残留病最终导致疾病复发。
一旦在移植后发现微小残留病，首先停用免疫抑制剂，并随后给予未处理的供者淋巴细胞输注。
治疗后患者的缓解率在慢性髓系白血病中最高，在急性髓系白血病中也可以看到疗效。供者淋巴细胞输注后的主要并发症是出现移植物抗宿主病和骨髓抑制，其他治疗微小残留病的方法包括白介素-2、干扰素α等。