造成胚胎停育的原因非常多，可以概括为胚胎因素、母体因素、父亲因素、环境因素。首先最常见的是胚胎因素，胚胎的染色体发生异常可能造成胚胎的停育。
其次为母体因素，母体因素又分为很多种，例如有全身性的疾病，包括母体患有严重的心力衰竭，慢性的肝病、肾病等，或者是高血压、糖尿病等，都有可能造成胚胎停育。
另外如果是母亲的生殖器官存在异常，例如子宫畸形，或黏膜下子宫肌瘤、子宫腺肌病等，也可能造成胚胎停育。
最后父亲的精子存在染色体异常，也可能导致胚胎停育，还有环境因素，如接触过多的放射线等，以上是一些常见的造成胚胎停育的原因。