心内膜垫缺损的远期预后主要取决于瓣膜的情况，瓣膜发育的越好，病人远期效果就越好。一部分病人做完手术以后，跟正常人没什么差别，有些病人做完手术以后，瓣膜有点少量关闭不全，医生会建议适当的减少运动量，减少体育活动量，生活质量就稍微差一点。病人术后还有三尖瓣、二尖瓣、三尖瓣的中大量或者大量的反流，生活质量就不会太好。有时候大夫会建议再做一次手术，把瓣膜再修复一下。合并有心律失常，一度房室传导阻滞都不是大问题。有三度房室传导阻滞需要安装起搏器，生活质量会受到影响。