小脑幕切迹疝发生时，瞳孔出现变化是由于动眼神经或动眼神经核受到了压迫，变化的规律首先是脑疝一侧的瞳孔先缩小，对光反射迟钝，原因是病变侧动眼神经受到了刺激，此时处于小脑幕切迹疝的早期，由于颞叶钩回、海马回等通过小脑幕裂孔向小脑幕下疝出，刺激动眼神经。
当持续受到压迫之后，会引起动眼神经坏死，此时会出现一侧瞳孔散大，对光反射消失。当脑疝没有解除进一步恶化时，会出现双侧瞳孔散大，原因是中脑、脑干内的动眼神经核受到了持续压迫，出现缺血、坏死，从而引起动眼神经核的功能丧失，出现双侧瞳孔散大并且固定，瞳孔直径在5mm以上，并且对光反射消失，此时属于小脑幕切迹疝晚期，生命体征受到了严重的威胁，濒临死亡。