营养不良应该采取综合的措施，包括祛除病因、调整饮食、营养支持和积极治疗并发症的综合措施，对于急性期营养不良的孩子，在早期不能大量的补充营养，需要循序渐进的补充缺乏的营养素，防止再喂养综合征的发生。一般的治疗，营养补充的原则是满足机体90%的液体目标需求、70%-90%的能量目标需求、100%的蛋白质和微量元素目标需求。能量补充刚开始可以20-25千卡每千克体重每天按这个标准补充，再采取个体化的调整标准。
蛋白质的目标需求是1-2g每千克公斤体重每天，对于干瘦性营养不良的，应该提高孩子的能量供应。对于恶性营养不良可以调整饮食的结构，补充优质蛋白质和能量，纠正他的水和电解质的平衡紊乱，对于继发性的蛋白质能量营养不足，要及时的补液和电解质，积极的治疗原发病，还有其他的药物治疗。医生常用的肠外营养配方包括葡萄糖、长链脂肪酸、中长链脂肪酸，以及氨基酸、维生素、微量元素，包括钾、钙、钠、镁等微量元素，此外还可以添加消化酶、益生菌等消化类药物。