小儿脑炎和脑膜炎是由多种病原微生物感染造成的，包括病毒感染引起的病毒性脑炎，细菌感染引起的化脓性脑膜脑炎，结核感染造成的结核性脑膜炎，以及真菌感染引起的真菌性脑膜炎，还包括免疫因素造成的自身免疫性脑炎。
临床上病毒性脑炎相对较多，其中80%为肠道病毒感染引起，是病毒经过肠道或是呼吸道进入机体的淋巴系统进行繁殖，经过血流感染入侵脑和脑膜组织造成。
在冬春季节容易出现脑膜炎双球菌感染造成的流行性脑膜炎，而在蚊虫较多的夏季，乙型脑炎病毒可以通过蚊虫叮咬感染人体。
孩子可以通过接种流脑疫苗和乙脑疫苗来预防感染，冬季需要防止感冒，而夏季需要做好室内清洁，防止蚊虫叮咬。