子宫内膜异位症会影响生育，降低生育概率，有时甚至会造成不孕症。子宫内膜异位症如果影响生育，要求生育者可以行手术治疗，手术后一般生育率在50%-60％左右。
子宫内膜异位症，主要包括卵巢巧克力囊肿、盆腔子宫内膜异位结节，以及子宫肌腺症三种形式。卵巢巧克力囊肿与不孕最为相关，巧克力囊肿会有周围的广泛粘连，常常会引起不孕。
对于巧克力囊肿合并不孕症，一般要行手术治疗，行巧克力囊肿剥除术。如果盆腔腹膜有异位灶，同时行异位灶切除，术后受孕率在50%-60％左右。对于子宫腺肌症，如果确实引起不孕可以行子宫腺肌症病灶切除，术后也会提高受孕率。