大多数扁桃体炎是由于细菌感染所造成，可以首先就诊于耳鼻喉科。如果是年龄低于14周岁，也可以就诊于小儿科。但是也有扁桃体炎继发于某些急性传染性疾病，比如流感、麻疹等，当体温过高超过40℃时，也可以就诊于感染性疾病科。无论就诊于哪个科室，首先要针对病因使用抗病毒药物或抗菌素，以青霉素类或头孢菌素类作为首选，需要根据病情的严重程度选择不同给药方式。体温超过38.5度时，应该使用退热药物，全身酌情应用糖皮质激素，有利于控制感染，减轻水肿，也能够快速消除疼痛感觉。