下肢深静脉血栓的治疗，最基础也是最重要的方法是抗凝治疗。抗凝治疗最常用的，一般是采用低分子量肝素，或者普通肝素进行注射，防止静脉血栓的进一步形成。静脉血栓形成了以后，有可能会导致肢体的肿胀，在这种情况下，我们可以在抗凝治疗的基础上，采用消肿的药物进行治疗。
另外，下肢深静脉血栓还有一个危害，就是因为血栓在静脉管腔内一旦脱落，它可以随着血流一直流入到肺动脉里边，造成肺动脉栓塞，肺动脉栓塞是非常凶险的疾病，甚至有可能危及生命。对于下肢深静脉血栓比较严重的患者，对于下肢深静脉血栓的治疗，除了抗凝的治疗以外，为了防止肺栓塞的发生，还需要在下腔静脉放置下腔静脉的滤器，拦截血栓，不让它掉到肺里。
另外一些比较严重的血栓，比如髂骨静脉的血栓，这种血栓形成的血栓量比较大，会引起下肢重度的肿胀，甚至在治疗后有可能会引起下肢深静脉血栓的后遗症，对于这样的病人，可能除了通过药物的治疗，还需要采取手术的方法，常用的手术方法，包括导管溶栓以及血栓的抽吸，或者血栓的旋切。